Vor Catalina verschlüsselte man einfach die Backupplatte und konnte darauf mit CCC das startfähige Backup erstellen lassen. Das ist vorbei, der Umweg nun ist, nach erster erfolgtem Backup auf ein unverschlüsseltes APFS Medium mit diesem zu starten und Filevault im gebooteten Backup-System zu aktivieren. Die Verschlüsselung erfolgt dann im Hintergrund und einmal beendet, sind die Daten komplett verschlüsselt.

https://bombich.com/de/kb/ccc5/working-filevault-encryption

Auch bei SuperDuper empfiehlt sich dieses Vorgehen. Die Backups sollten dann nur über “Smart Update” gemacht werden, damit die Platte nicht unverschlüsselt neu formatiert wird, wie es automatisch bei Standardbackups passiert.

Hier ist das recht gut erklärt, wie das mit APFS und den dort “versteckten” Partitionen zusammenhängt:

https://www.shirt-pocket.com/blog/index.php/comments/superduper_for_catalina/